自來水檢測分析管理制度需完善，在分工明確的基礎(chǔ)上，需制定清晰可控的自來水處理和檢測流程，嚴(yán)格遵照流程進行水質(zhì)處理，重視水質(zhì)檢測的重要性。樣品的分析測試是整個監(jiān)測過程的重要步驟，在樣品具有代表性的前提下，分析測試的質(zhì)量就決定了整個監(jiān)測過程的質(zhì)量，必須嚴(yán)格把關(guān)，保證監(jiān)測數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確可靠。
首先，檢測員需實地取樣，不同水環(huán)境下水質(zhì)狀況存在差異，而這些差異不是肉眼所能察覺，需要配合儀器設(shè)備的數(shù)據(jù)分析方可得出。這一過程中，取出的水需存放在干凈無污染的器皿中。 
其次，回到微生物檢測室內(nèi)，檢測員將取樣的自來水，小心翼翼地滴在培養(yǎng)皿中。這里正在進行基礎(chǔ)的檢測菌落總數(shù)指標(biāo)的檢測。從取樣、到菌類培養(yǎng)、后得出檢測結(jié)果，僅這幾項檢測就要花48個小時。在這常規(guī)水檢的過程中能用到的儀器有酸度計、硬度計、濁度儀、可見光分光光度計、顯微鏡、超凈工作臺、恒溫培養(yǎng)箱、烘箱、冰箱等。
從主要檢測項目來講可分為兩大類：一類是反映水質(zhì)狀況的綜合指標(biāo)，如溫度、色度、濁度、pH值、電導(dǎo)率、懸浮物、溶解氧、化學(xué)需氧量和生物需氧量等；另一類是一些有毒物質(zhì)，如酚、氰、砷、鉛、鉻、鎘、汞和有機農(nóng)藥等。為客觀的評價江河和海洋水質(zhì)的狀況，除上述監(jiān)測項目外，有時需進行流速和流量的測定。 
另外，自采樣到檢測完成之后需等待十個工作日之后出具檢測報告。 
后，若是要完成全部檢測指標(biāo)，至少需要兩周時間。即便如此，要在水樣有效期內(nèi)完成檢測，也要舉全站之力加班加點才能完成。除了時間的增加，新標(biāo)準(zhǔn)也相應(yīng)增加了檢測成本。